Organi Komore su: Skupština, Upravni odbor i direktor KSPRS
Skupština Komore samostalnih preduzetnika Republike Srpske.:
Skupština je najviši organ upravljanja Komore. Skupštinu čine predstavnici područnih Komora. Mandat Skupštine traje 4 godine.Skupština Komore broji 27 članova
Upravni odbor Komore
Upravni odbor komore neposredno upravlja Komorom u skladu sa Zakonom i Statutom Komore.Upravni odbor ima 5 članova koje bira Skupština Komore ir reda istaknutih samostalnih preduzetnika.
Direktor Komore
Direktor Komore bira i razrješava Skupština Komore, na prijedlog Upravnog odbora Komore.
Poslovi direktora Komore utvrđeni su Zakonom, Statutom, programom rada i zaključcima Skupštine i Upravnog odbora.